Du X^e au XIV^e siècle, les barons de Semur furent une famille puissante. Ainsi Dalmace I^er, dit Dalmace le Grand (1000? à 1048) maria sa fille Hélie au duc de Bourgogne Robert I^er. Le membre le plus célèbre de la famille de Semur fut un autre fils de Dalmace le Grand, Saint Hugues (1024-1109), qui devint abbé de Cluny et joua un rôle important dans l'ensemble de la chrétienté.

Tout au long de son histoire Semur fut dévastée à de nombreuses reprise : au X^e siècle par les normands, en 1364 par les anglais, sous le règne de Charles VI lors des conflits entre la maison d'Orléans et celle de Bourgogne, en 1467 la ville est brûlée par les armées de Louis XI, elle est à nouveau saccagée et brûlée le 10 octobre 1576 par les reitres du prince Casimir.

Sous l'ancien régime, Semur appartenait à l'ancien diocèse d'Autun. Semur avait un bailliage particulier (le troisième siège de l'Autunois) et dépendait de la lieutenance générale de l'Autunois.

Au cours de la Révolution française, la commune porta provisoirement le nom de Semur-la-Montagne¹⁰. Lors de la Révolution; Semur a d'abord été chef-lieu de district (le 6 février 1790) mais celui-ci est transféré à Marcigny le 22 avril 1790. La commune de Montmégin a été réunie à celle de Semur le 1^er novembre 1791.

La commune de Saint-Martin est annexée à celle de Semur par ordonnance royale du 13 novembre 1825. Lors de l'annexion de Saint-Martin-la-Vallée à Semur, Saint-Martin compte 687 habitants et Semur 607. Le maire de Saint-Martin, le baron du Puy de Semur, devient maire de la nouvelle commune.